L'arrêt temporaire ne donne lieu qu'à un seul paiement versé après dépôt par le demandeur d'une demande de paiement et de son traitement par FranceAgriMer.
Dans le cas où un contrôle en mer aurait identifié un navire en activité de pêche alors même que celui-ci était inscrit comme en arrêt à la date du contrôle mené, les services de contrôle en informent le service instructeur. Le résultat du contrôle est alors versé au dossier du demandeur et rend sa demande de paiement automatiquement inéligible, indépendamment des autres poursuites possibles.
L'enveloppe budgétaire consacrée à la mesure ainsi que les modalités de mise en œuvre sont fixées par instruction de la ministre chargée des pêches maritimes.
Dans le cas où les demandes d'aide excéderaient l'enveloppe budgétaire, les demandes seront instruites en fonction de leur date de dépôt complet auprès du service instructeur.