Le déplacement doit se faire selon la voie la plus directe et la plus économique.
Les transports sont effectués en 2e classe pour les trajets par voie ferroviaire, en classe économique pour les trajets par voie aérienne.
Le recours à la voie aérienne peut être autorisé lorsque le temps de trajet par la voie ferroviaire est supérieur à 3 h 30 pour un aller simple dans la journée et 5 heures pour un aller-retour dans la journée.
Pour des trajets inférieurs à 3 h 30, et lorsque les conditions de voyage le justifient, le recours à la voie aérienne peut être autorisé sur justification écrite et sous la responsabilité du directeur ou du chef de service.

Le recours à la classe supérieure pour la voie ferroviaire peut être autorisé, sur justification écrite et sous la responsabilité du directeur ou du chef de service, lorsque les conditions de la mission ou les conditions tarifaires permettent de le justifier.
Lorsque l'accès à un train est soumis au paiement d'un supplément de prix, le remboursement de ce supplément est autorisé, sur présentation des pièces justificatives.
Le remboursement de la couchette ou du wagon-lit est exclusif de l'indemnité de nuitée.
Pour les déplacements de nuit par train, entre 0 heure et 5 heures, et lorsque la prestation n'est pas incluse dans le prix du billet, les frais de petit déjeuner peuvent être remboursés forfaitairement à hauteur de 5 , sur présentation des justificatifs (notamment titre de transport et facture).

Le recours à la classe supérieure pour la voie aérienne peut être autorisé sur justification écrite et sous la responsabilité du directeur ou du chef de service, lorsque la durée du voyage est supérieure à 7 heures et que la durée de la mission est inférieure à 7 jours, ou lorsque les conditions tarifaires peuvent le justifier.
Les agents suivants peuvent être autorisés, en raison des sujétions de service, à voyager en classe supérieure pour les voyages dont le temps de vol est supérieur à 4 heures :

• les directeurs(trices) de cabinet ;
• le (la) secrétaire général(e) des ministères chargés des affaires sociales ;
• les délégué(e)s et les délégué(e)s adjoint(e)s ;
• les directeurs(trices) et les directeurs(trices) adjoint(e)s d'administration centrale.

Le temps passé à bord des avions n'ouvre droit à aucune indemnité de nuitée ou de repas, sauf dans le cas où le prix du passage ne comprend pas la fourniture du repas.
Aucun remboursement n'est accordé à l'agent en déplacement temporaire au titre des bagages personnels transportés en excédent de la franchise consentie par les compagnies de navigation aérienne.
L'agent qui accomplit une mission nécessitant la consultation d'une importante documentation technique peut obtenir, après accord préalable et sur justification du directeur ou du chef de service, le remboursement du coût des bagages transportés par la voie aérienne en excédent de la franchise consentie par les compagnies de navigation aérienne.
L'utilisation des avions-taxis est interdite.

Le recours à la classe supérieure pour la voie maritime peut être autorisé, sur justification écrite et sous la responsabilité du directeur ou du chef de service, lorsque les conditions de la mission ou les conditions tarifaires peuvent le justifier.
Le temps passé à bord des bateaux n'ouvre droit à aucune indemnité de nuitée ou de repas, sauf dans le cas où le prix du passage ne comprend pas la fourniture du repas.
Pour les déplacements de nuit par bateau, entre 0 heure et 5 heures, et lorsque la prestation n'est pas incluse dans le prix du billet, les frais de petit déjeuner peuvent être remboursés forfaitairement à hauteur de 5 , sur présentation des justificatifs (notamment titre de transport et facture).

Le remboursement des frais de transport en autocar, navette ou tout autre moyen de transport collectif comparable peut être effectué, sur présentation des pièces justificatives et sur la base des frais réellement exposés.

Les agents peuvent utiliser leur véhicule terrestre à moteur pour les besoins du service sur autorisation de leur directeur ou chef de service, notamment en cas d'indisponibilité d'un véhicule de service.
Les autorisations ne sont délivrées que si l'utilisation du véhicule personnel entraîne une économie ou un gain de temps appréciables, ou lorsqu'elle est rendue nécessaire soit par l'absence, permanente ou occasionnelle, de moyens de transports en commun, soit par l'obligation attestée de transporter du matériel précieux, fragile, lourd ou encombrant.
Les agents autorisés à utiliser leur véhicule à moteur pour les besoins du service sont indemnisés de leurs frais de transport sur la base des indemnités kilométriques.
Dans les cas où l'utilisation par l'agent de son véhicule personnel pour sa propre convenance est autorisée par le directeur ou le chef de service qui ordonne le déplacement, elle donne lieu à une indemnisation sur la base du tarif transport public de voyageurs le moins onéreux. Mais l'agent ne peut prétendre à aucun remboursement de frais divers (taxi, frais de stationnement et de péages).

Lorsqu'un agent est astreint, par ses fonctions, à de fréquents déplacements, le ministère peut prendre en charge une part ou la totalité du coût d'un titre d'abonnement dans la mesure où il en résulte une économie par rapport à la procédure habituelle de prise en charge.
L'agent titulaire d'une carte de réduction ou d'un abonnement est tenu d'en faire état lors de la préparation de la mission. Il n'a pas droit au remboursement ou à la compensation des frais de transport pour la partie correspondant à l'exonération.