La sous-direction des programmes d'administration générale est chargée de coordonner la préparation et le suivi de l'exécution budgétaires au sein des programmes d'administration générale. Elle assure le fonctionnement de l'administration centrale par la gestion des crédits concourant à l'acquisition de matériels, fournitures et services ainsi que par des prestations directes.
Elle assure le contrôle de gestion opérationnel du secrétariat général et des directions de fonctions support et contribue, avec la sous-direction des affaires financières, à l'animation et à la coordination du contrôle de gestion au sein du ministère. Elle met en oeuvre les études et expertises nécessaires au développement d'actions de modernisation.
Elle gère les ressources de la direction. En liaison avec les services chargés des achats et des marchés dans les directions, elle élabore et met en oeuvre la politique "achats" ministérielle.