Le Conseil supérieur et les conseils de la fonction militaire siègent, sur décision de leur secrétaire général, soit en séance plénière, soit en groupes de travail.
Les secrétaires généraux assistent aux séances des conseils, mais ne participent pas aux votes. Les membres s'expriment librement sur chacune des questions posées et donnent un avis, recueilli par le secrétaire général, à la majorité des voix. Toutefois, ils sont tenus à l'obligation de réserve dans la diffusion des opinions exprimées en séance.
Le vote est secret si un tiers au moins des membres présents le demande ou sur proposition du secrétaire général. Le dépouillement est alors effectué par le secrétaire général en présence du secrétaire de session et de trois membres du conseil désignés par ce dernier.