Les secrétaires généraux sont chargés de l'organisation des sessions, selon les directives données par le président pour le Conseil supérieur de la fonction militaire ou les vice-présidents pour les conseils de la fonction militaire.
Au début de chaque session, les secrétaires généraux font procéder à la désignation par les conseils d'un secrétaire de session. Ce dernier assiste le secrétaire général dans l'animation des séances du conseil, participe à la rédaction des avis du conseil et du communiqué de session, contresigne le communiqué de session et le compte rendu.