Le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire assure la coordination de l'activité des secrétaires généraux des conseils de la fonction militaire pour toutes les questions relevant de la compétence du Conseil supérieur de la fonction militaire. Il reçoit copie de l'ordre du jour, du communiqué et du compte rendu des sessions de ces conseils et organise les réunions relatives à la préparation des travaux du Conseil supérieur de la fonction militaire.

En liaison avec les services du ministère de la défense, il assure le suivi des travaux du Conseil supérieur de la fonction militaire. Il tient à jour tout indicateur permettant d'évaluer la qualité des processus mis en œuvre dans le cadre de la concertation.