L'agrément est accordé dans le cadre de la spécialisation géographique suivante :
Région Provence-Alpes-Côte d'Azur (Alpes-Maritimes, Bouches-du-Rhône, Var, Vaucluse) ;
Région Languedoc-Roussillon (Aude, Gard, Hérault, Lozère, Pyrénées-Orientales).
Le conservatoire botanique méditerranéen assure également la coordination biogéographique des actions mises en œuvre par le réseau des conservatoires botaniques nationaux pour la région biogéographique méditerranéenne continentale au sens de la directive 92/43/du Conseil du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages.