Après la clôture des scrutins, les opérations d'émargement et de dépouillement des votes sont traitées informatiquement par la Caisse des dépôts et consignations.

Chaque bureau de vote établit un procès-verbal unique qui agrège les constatations et résultats des deux opérations de vote, en spécifiant :
1° Les événements survenus durant le scrutin le cas échéant, les interventions effectuées sur le système électronique de vote par internet et sur le déroulement du vote par correspondance, ainsi que les réclamations des candidats et les décisions motivées du bureau de vote ;
2° Les données par collège sur les émargements des électeurs, le nombre d'électeurs inscrits, le nombre d'électeurs votants, le nombre de suffrages nuls, le nombre de suffrages exprimés, réparties selon les états suivants :
a) Pour le cinquième collège, les résultats par employeur pour les employeurs territoriaux ayant au moins cinquante électeurs inscrits et pour les employeurs hospitaliers ayant au moins quinze électeurs inscrits ;
b) Les résultats par département ;
c) Les résultats par région ;
d) Les résultats par type d'employeur, territorial ou hospitalier ;
e) Les résultats par nature juridique de l'employeur, collectivité ou établissement ;
f) Les résultats nationaux.
Les bulletins nuls sont joints au procès-verbal. Ils sont contresignés par le président du bureau de vote avec indication, pour chacun d'eux, de la décision prise et de ses motifs.
Le procès-verbal du vote, consultable par les électeurs et les candidats jusqu'à l'expiration du délai de recours contentieux, est publié sur le site internet de la Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales.

La procédure de décompte des votes doit, si nécessaire, pouvoir être exécutée de nouveau.
La Caisse des dépôts et consignations conserve sous scellés, pendant un délai de deux ans et dans les conditions fixées aux articles L. 212-2 et L. 212-3 du code du patrimoine et au 5° de l'article 4 de la loi du 6 janvier 1978 susvisée, les fichiers supports comprenant la copie des programmes sources et des programmes exécutables, les matériels de vote, les fichiers d'émargement, de résultats et de sauvegarde ainsi que les fichiers qui conservent la trace des interventions sur le système. La procédure de décompte des votes doit, si nécessaire, pouvoir être exécutée de nouveau.
Au terme de ce délai de deux ans ou, si une action contentieuse a été engagée, après l'intervention de la décision juridictionnelle définitive, la Caisse des dépôts et consignations procède à la destruction de l'ensemble des fichiers mentionnés au premier alinéa, de façon définitive et sécurisée. Seuls sont conservés les listes de candidats avec déclarations de candidatures et professions de foi, les procès-verbaux de l'élection ainsi que les actes de nomination des membres des bureaux de vote.

La publication des résultats électoraux pour l'ensemble des scrutins est effectuée sur le site internet de la Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales.

Les opérations électorales peuvent être contestées devant le tribunal administratif de Bordeaux dans un délai de cinq jours, à compter de la proclamation des résultats.
Les recours sont formés et jugés dans les formes et délais prévus pour les élections municipales.