En cas de désaccord ou de difficultés non réglées au niveau local, régional ou central, l'inspection du travail dans les armées peut être saisie par un agent, par le chef d'organisme, par le médecin de prévention ou par la direction centrale du service de santé des armées.
Après avis de l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées, elle adresse ses recommandations aux parties concernées et aux autorités hiérarchiques dont dépendent ces dernières ainsi qu'à la direction centrale du service de santé des armées.