Le rapporteur général répartit les dossiers entre les rapporteurs chargés de l'examen des recours. Lorsque la complexité du recours l'exige, il peut conjointement désigner plusieurs rapporteurs. Il coordonne les travaux des rapporteurs et peut également examiner personnellement des recours. Il informe le président des difficultés éventuelles présentées par certains dossiers.

Les rapporteurs examinent les recours dans un esprit d'indépendance, de neutralité et d'impartialité.
Dans l'exercice de leur mission, ils procèdent à toute mesure utile à cette étude et peuvent notamment solliciter des compléments d'information tant auprès des requérants qu'auprès des administrations concernées par les recours. Ils rendent compte au rapporteur général et, le cas échéant, au président de la commission des difficultés qu'ils peuvent rencontrer lors de leur mission.

L'examen du recours consiste à réunir les éléments de fait et de droit caractérisant le recours pour les présenter à la commission. A cet effet, un mois après que le président a adressé une copie du recours aux autorités visées à l'article R. 4125-3 du code de la défense, le rapporteur recueille les éléments de réponse. Ces éléments sont transmis au requérant pour lui permettre de répliquer dans un délai de dix jours.
Les échanges entre le rapporteur et le requérant se font par tout moyen, notamment télématique.

Une fois l'étude achevée, le rapporteur transmet le dossier au rapporteur général qui vérifie si l'affaire est en état d'être présentée devant la commission et le transmet au président de la commission pour inscription à l'ordre du jour.