L'article 13, alinéa c, de l'arrêté du 29 janvier 2004 susvisé est complété et ainsi rédigé : « Les affectations, par discipline et par subdivision, sont prononcées par arrêté du ministre chargé de la santé et publié au Journal officiel de la République française ».

Le préfet de région fixe, sur avis de la commission de subdivision de répartition des stages, la liste des stages agréés qui sont offerts au choix des internes ou des résidents au vu du nombre réel de ceux choisissant un stage. Un taux d'adéquation entre le nombre de stages et le nombre d'internes est déterminé en tant que de besoin par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.
Dans chaque subdivision, une procédure de choix des structures agréées comme lieu de stages est organisée tous les six mois par la direction régionale des affaires sanitaires et sociales sur avis de la commission de subdivision de répartition des stages prévue à l'article 30 du décret du 16 janvier 2004 susvisé.
Le choix d'un stage pour la formation des internes ou des résidents ne peut se faire que dans un des services agréés par le préfet de région, sur avis de la commission de subdivision.

Le choix d'un stage est déterminé en priorité, en fonction du nombre de stages déjà validés, puis selon le rang de classement au sens de l'article 10 du décret du 16 janvier 2004 susvisé.

Le coordonnateur interrégional de chaque diplôme d'études spécialisées en relation avec l'unité de formation et de recherche d'origine veille au respect des stages obligatoires définis par chaque maquette. En cas de non-respect, le directeur régional des affaires sanitaires et sociales ou son représentant, saisi éventuellement par le coordonnateur, peut, après un entretien avec l'interne ou le résident en présence éventuellement du coordonnateur interrégional, imposer l'affectation du stage suivant. Dans la mesure où un stage conforme à la maquette est disponible, l'interne ou le résident est affecté d'office dans ce dernier.