Le Haut Conseil de la santé publique comprend, outre le collège mentionné à l'article R. 1411-46 du code de la santé publique, quatre commissions spécialisées :

- la commission spécialisée " maladies infectieuses et maladies émergentes " ;

- la commission spécialisée " maladies chroniques " ;

- la commission spécialisée " risques liés à l'environnement " ;

- la commission spécialisée " système de santé et sécurité des patients ".