Le ministre de la défense examine le dossier administratif et le sous-dossier « intérêt défense ». En tant que de besoin, il invite le demandeur à compléter ce sous-dossier.
Si cet examen démontre la nécessité, pour préserver les intérêts de la défense nationale, de recourir à une exemption défense, et hors cas d'urgence opérationnelle, le ministre de la défense en informe le ministre chargé de l'environnement.
Le ministre chargé de l'environnement examine alors le dossier administratif et le sous-dossier « maîtrise des risques ». En tant que de besoin, il sollicite du demandeur un complément d'informations ou d'essais, après avis du ministre de la défense.

Si l'examen du dossier administratif et du sous-dossier « intérêt défense » n'établit pas la nécessité de recourir à une exemption défense, le ministre de la défense prend seul la décision de rejet.