Sont directement subordonnés au chef d'état-major de la marine les autorités et organismes suivants :

1. L'inspection de la marine nationale ;

2. Le délégué au rayonnement de la marine ;

3. La commission permanente des programmes et des essais des bâtiments de la flotte ;

4. Le centre d'études supérieures de la marine ;

5. Le service d'information et de relations publiques des armées (marine) ;

6. Le service logistique de la marine.

Le chef d'état-major de la marine dispose en outre :

-du conseil permanent de la sécurité nautique de la marine ;

-du conseil permanent de la sécurité aérienne de la marine ;

-du secrétariat permanent du conseil de la fonction militaire de la marine ;

L'inspecteur du service de santé pour la marine est placé auprès du chef d'état-major de la marine pour remplir les missions prévues par l'arrêté du 3 janvier 2013 relatif à l'inspection du service de santé des armées.