Le PNAA est implanté à Rennes (35) et possède deux antennes situées à Rennes (35) et à Toulouse (31), rattachées respectivement à la direction régionale des finances publiques de Bretagne et du département d'Ille-et-Vilaine et à la direction régionale des finances publiques d'Occitanie et du département de la Haute-Garonne.