Quelle que soit la durée de service envisagée dans la marine nationale, le profil médical exigé au titre d'un recrutement initial, c'est-à-dire pour un candidat civil ou un candidat élève à l'Ecole des mousses, est celui du concours, de la formation, des spécialités ou des métiers pour lesquels le candidat postule, tel que défini dans les annexes au présent arrêté.
Lors de l'expertise médicale en vue d'un recrutement initial, le médecin des armées se prononce systématiquement sur :

- l'aptitude générale à servir dans la marine (annexe I) ;
- l'aptitude au service à la mer (annexe I) ;
- l'aptitude à la formation, au métier ou à la spécialité correspondant à son engagement (annexe II ou III) ;
- l'aptitude à un poste permanent hors métropole (annexes II et III) ;
- l'aptitude aux opérations extérieures à terre (OPEX) (annexe I) ;
- l'absence de contre-indications à l'entraînement physique, militaire et sportif (EPMS).

L'évaluation du sigle « P » du profil médical « SIGYCOP » est du ressort du service de santé des armées ; il se fonde notamment sur un examen médico-psychologique.
En complément et indépendamment de l'aptitude médicale, tous les candidats au recrutement dans la marine nationale bénéficient d'un entretien avec un psychologue du service de psychologie de la marine avant le recrutement (personnel équipage, officier marinier et officier sous contrat) ou durant la période probatoire (officier de carrière), dont les modalités sont fixées par une instruction sous timbre de la direction du personnel de la marine.

Les candidats au recrutement ne doivent pas présenter de contre-indication aux vaccinations légales et réglementaires figurant au calendrier vaccinal des armées. Toute contre-indication identifiée lors des opérations de sélection initiale, d'incorporation ou au cours d'une période probatoire entraîne une inaptitude médicale à l'engagement.
Durant le processus de recrutement, le refus de recevoir les vaccinations légales et réglementaires inscrites au calendrier vaccinal des armées est un motif d'inaptitude à l'engagement. Lorsque ce refus se manifeste pendant la période probatoire, l'autorité militaire dénonce le contrat d'engagement.

Les candidats au recrutement font systématiquement l'objet d'un dépistage de l'usage de stupéfiants. Ce dépistage urinaire de toxiques survient au temps de l'incorporation, au minimum un mois après signature de l'attestation de mise en garde contre l'usage, la détention ou le trafic de stupéfiants et contre la consommation excessive d'alcool. Pour les candidats provenant des territoires d'outre-mer, ce dépistage est effectué avant le départ vers la métropole pour l'incorporation. Dans ce cas, si sa réalisation date de plus d'un mois, il est alors renouvelé au temps de l'incorporation.
En cas de positivité, une décision d'inaptitude temporaire au service est prise, dans l'attente d'un nouveau dépistage, et une information du candidat ou de la recrue est réalisée par le service de santé des armées.
Le deuxième dépistage de toxiques survient au minimum un mois après cette information. Tout résultat positif confirmé lors de ce deuxième dépistage entraîne l'inaptitude définitive à servir dans la marine.

Conformément aux dispositions de l'arrêté du 29 mars 2021 susvisé, les candidates à un engagement doivent effectuer un test de grossesse au temps de l'incorporation.
Pour les candidates provenant des territoires d'outre-mer, ce test est effectué par exception lors de l'expertise médicale initiale, avant le départ vers la métropole pour l'incorporation. Dans ce cas, si sa réalisation date de plus d'un mois, il est alors renouvelé au temps de l'incorporation.
La constatation d'un état de grossesse ou la positivité de tests biologiques spécifiques entraîne une inaptitude temporaire à l'engagement. Le refus d'effectuer les tests biologiques spécifiques est aussi un motif d'inaptitude temporaire à l'engagement.
L'état de grossesse constaté postérieurement aux épreuves d'admission ou de sélection, suspend les effets de cette admission ou de cette sélection jusqu'à la fin de la période légale de congé maternité. A l'issue de cette période, si l'intéressée satisfait aux normes médicales d'aptitude définies dans le présent arrêté, le processus d'admission ou de sélection reprend son cours.