La définition de la stratégie du service et des politiques sectorielles du soutien « santé », les activités de préparation de l'avenir et de mise en œuvre des politiques ministérielles dans le domaine des sécurités relèvent du directeur central.
La coordination et la mise en œuvre de ces fonctions transverses ainsi que des travaux d'anticipation et de stratégie et des missions ponctuelles, sont assurés par un ou plusieurs pôles directement placés sous son autorité.

La direction centrale du service de santé des armées comprend :
1° Trois divisions :
a) La division « performance et management général » ;
b) La division « opérations » ;
c) La division « santé de défense » ;
2° Trois sous-directions :
a) La sous-direction « études et politiques des ressources humaines » ;
b) La sous-direction « achats-finances » ;
c) La sous-direction « appui à l'activité ».

La division « performance et management général » :
1° Elabore la politique générale du service. Elle assure la coordination et la synthèse des travaux de la direction centrale. Elle suit les travaux concernant le service, instruits par les états-majors, directions et services du ministère et les services des autres administrations de l'Etat ;
2° Elabore et met en œuvre la stratégie de communication du service ;
3° Elabore et anime, pour le service, le pilotage par la performance et le dispositif d'aide à la décision permettant la maitrise des activités. Elle conduit les travaux de contrôle de gestion, décline les politiques de contrôle interne et la démarche qualité. Elle organise le dialogue de commandement au sein du service et avec l'état-major des armées ;
4° Décline la politique de management de l'information. Elle la met en œuvre au sein de la direction centrale.

La division « opérations » :
1° Définit les conditions et les modalités de mise en œuvre du soutien médical opérationnel et participe à la planification du soutien médical des opérations ;
2° Contribue à l'élaboration du contrat opérationnel du service et s'assure de son respect. Elle établit la doctrine du soutien médical en opération. Elle définit la politique de préparation opérationnelle et conduit les opérations d'armement du service ;
3° Conduit les travaux dans le domaine des risques nucléaire, radiologique, biologique et chimique ;
4° Participe à l'élaboration de la politique du service en matière de relations internationales.

La division « santé de défense » :
1° Etablit et décline les politiques d'offre et de parcours de soins, participe à la construction et à l'évaluation des plans de santé, organise la qualité et la sécurité des soins, définit le concept d'emploi des métiers de la santé ;
2° Définit les modalités et le référentiel d'évaluation de l'aptitude médicale des militaires. En relation avec les forces armées et formations rattachées, elle participe à l'élaboration des normes médicales d'aptitude des militaires et de la réglementation en matière de congés liés à l'état de santé des militaires ;
3° Anime et coordonne la veille et l'expertise scientifique et technique dans le domaine de la santé, le suivi et l'analyse de l'état de santé des militaires ;
4° Elabore et coordonne, pour le service, les activités de santé et sécurité au travail, de prévention routière, de protection contre l'incendie et de protection de l'environnement.
Dans les domaines scientifiques et techniques, la division exerce une autorité fonctionnelle sur le service de protection radiologique, l'institut de recherche biomédicale, la pharmacie centrale, le centre de transfusion sanguine et le centre d'épidémiologie et de santé publique.

La sous-direction « études et politiques des ressources humaines » :
1° Propose la politique générale des ressources humaines du service dont elle garantit la cohérence, en liaison avec l'état-major des armées, la direction des ressources humaines du ministère de la défense ainsi que les employeurs du service ;
2° Adapte l'organisation des moyens du service pour répondre aux besoins de soutien médical des forces armées. Elle détermine les objectifs qualitatifs et quantitatifs des ressources humaines permettant d'atteindre les cibles en organisation du service ;
3° Mène les études, définit les parcours professionnels et élabore la politique des emplois et des compétences du service pour les militaires d'active et de réserve. Elle décline la politique d'emploi du personnel civil fixée par la direction des ressources humaines du ministère de la défense au sein du service ;
4° Assure le pilotage des effectifs et de la masse salariale ;
5° Traite des questions indiciaires et indemnitaires ;
6° Conçoit et met en œuvre les outils numériques dédiés à l'optimisation des processus de ressources humaines, harmonise l'emploi du système d'information « ressources humaines » utilisé par le service, pour lequel elle effectue les demandes d'évolution ;
7° Traite des questions statutaires, y compris s'agissant du contentieux individuel, en liaison avec les services du secrétariat général pour l'administration.
Pour la réalisation de ses missions, la sous-direction :
1° A autorité sur le département « accompagnement et gestion des ressources humaines », qui est directement rattaché au sous-directeur, et auquel est subordonné le centre expert des ressources humaines du service de santé des armées ;
2° S'assure de la cohérence de la politique de formation, menée par la direction de la formation, de la recherche et de l'innovation, avec la politique générale des ressources humaines du service.

La sous-direction « achats-finances » :
1° Dans le domaine des achats, propose la politique du service, en assure le suivi et participe aux travaux portant sur les stratégies et sur la performance ;
2° Contribue à la programmation budgétaire des crédits qui peuvent être confiés au service, à l'analyse des coûts, à l'actualisation de l'organisation financière et à la veille réglementaire de la fonction financière ;
3° Veille à l'exécution des recettes et des dépenses confiées au service et contribue à leur suivi ;
4° Propose pour le service la politique en matière de comptabilité patrimoniale, anime les contrôles internes financier, logistique et « achat ».

La sous-direction appui à l'activité :

1° En liaison avec les services du secrétariat général pour l'administration, traite les questions législatives et réglementaires, et assure le conseil juridique spécifique au domaine santé . Elle élabore les règles de déontologie et les bonnes pratiques spécifiques aux militaires du service de santé des armées et contrôle leur application ;

2° Participe à l'élaboration des politiques immobilière et de stationnement et veille au maintien en condition des infrastructures du service. Elle apporte son concours au traitement des affaires domaniales ;

3° Elabore la politique de soutien en produits de santé et la politique de vigilance des circuits pharmaceutiques et biomédicaux du service. Elle assure l'organisation et la coordination de la gestion logistique des biens mobiliers entrant dans le domaine de compétence du directeur central ;

4° S'assure de la qualité et de l'adéquation du soutien réalisé au profit du service. Elle est le correspondant au sein du service pour ce qui relève de l'administration générale et du soutien commun ;

5° Diligente les procédures d'acceptation et de modification des dons consentis au service de santé des armées et aux organismes qui en relèvent, sans préjudice des attributions de la direction des affaires juridiques.