La division « santé de défense » :
1° Etablit et décline les politiques d'offre et de parcours de soins, participe à la construction et à l'évaluation des plans de santé, organise la qualité et la sécurité des soins, définit le concept d'emploi des métiers de la santé ;
2° Définit les modalités et le référentiel d'évaluation de l'aptitude médicale des militaires. En relation avec les forces armées et formations rattachées, elle participe à l'élaboration des normes médicales d'aptitude des militaires et de la réglementation en matière de congés liés à l'état de santé des militaires ;
3° Anime et coordonne la veille et l'expertise scientifique et technique dans le domaine de la santé, le suivi et l'analyse de l'état de santé des militaires ;
4° Elabore et coordonne, pour le service, les activités de santé et sécurité au travail, de prévention routière, de protection contre l'incendie et de protection de l'environnement.
Dans les domaines scientifiques et techniques, la division exerce une autorité fonctionnelle sur le service de protection radiologique, l'institut de recherche biomédicale, la pharmacie centrale, le centre de transfusion sanguine et le centre d'épidémiologie et de santé publique.