Pour l'exercice de ses attributions fixées par les articles R. 3232-11 à R. 3232-14 du code de la défense, le service de santé des armées comprend :
1° Appartenant à l'administration centrale :
a) La direction centrale du service de santé des armées dont l'organisation est fixée par le présent arrêté ;
b) L'inspection du service de santé des armées.
2° Des organismes extérieurs :
a) Relevant directement de la direction centrale :
i. La direction de la médecine des forces, à laquelle sont subordonnés les centres médicaux des armées, les chefferies du service de santé des armées, le service de protection radiologique des armées ;
ii. La direction des hôpitaux des armées, à laquelle sont subordonnés les hôpitaux d'instruction des armées et le service des archives médicales hospitalières des armées ;
iii. La direction de la formation, de la recherche et de l'innovation, à laquelle sont subordonnés les écoles, l'institut de recherche biomédicale des armées et le centre d'épidémiologie et de santé publique des armées ;
iv. La direction des approvisionnements en produits de santé des armées, centrale d'achat au sens de l'article L. 2113-2 du code de la commande publique, à laquelle sont subordonnés la pharmacie centrale des armées, la plateforme « achats-finances-santé », l'établissement central des matériels, les établissements de ravitaillement sanitaire des armées et le centre de transfusion sanguine des armées ;
v. La direction des systèmes d'information et du numérique en santé ;
vi. Le département « accompagnement et gestion des ressources humaines », auquel est subordonné le centre expert des ressources humaines du service de santé des armées ;
b) Placées pour emploi auprès d'un commandement :
i. Relevant directement de la direction centrale, les directions et structures médicales placées sous l'autorité d'emploi des commandants des forces françaises engagées en missions opérationnelles ;
ii. Relevant directement de la direction de la médecine des forces, les directions et structures médicales placées pour emploi auprès des commandants supérieurs outre-mer et des commandants des forces ou éléments de forces à l'étranger.
Le fonctionnement de la direction centrale, les attributions, l'organisation et le fonctionnement des organismes extérieurs sont fixés par instruction.

Le service de santé des armées est dirigé par un directeur central, médecin général des armées, placé sous l'autorité du chef d'état-major des armées. Le directeur central dirige l'activité du service suivant les orientations stratégiques arrêtées par le conseil d'orientation et de gestion et les directives générales fixées par le chef d'état-major des armées.
Le directeur central a autorité sur l'inspection du service de santé des armées.
Le directeur central exerce les attributions de haut fonctionnaire en charge de la santé pour le ministère de la défense, au sens de l'article D. 1411-32 du code de la santé publique.
En outre, au nom du ministre de la défense, il :
1° Délivre les autorisations de lieu de recherche impliquant la personne humaine mentionnées à l'article L. 1121-13 du code de la santé publique, dans l'ensemble des organismes du ministère ;
2° Prend les décisions et délivre les récépissés en matière de déclaration, mentionnés à l'article R. 532-32 du code de l'environnement, pour des utilisations dans les organismes du service de santé des armées.