Le directeur du « Commandement spécialisé pour la sécurité nucléaire » est assisté, pour l'ensemble de ses attributions, d'un directeur adjoint qui le supplée.
Le service comprend, outre le cabinet :

- le département de l'appui aux forces et aux opérateurs ;
- le département des opérations et de l'emploi ;
- le département du soutien opérationnel.

Les bureaux composant le service peuvent être amenés à contribuer à la constitution d'une cellule ad hoc en cas d'événement inopiné ou programmé.