Entreposage des déchets.
L'exploitant effectue à l'intérieur de son établissement la séparation des déchets (dangereux ou non) de façon à faciliter leur traitement ou leur élimination dans des filières spécifiques.
Les déchets produits par l'installation et la fraction indésirable susceptible d'être extraite des déchets destinés au compostage sont entreposés dans des conditions ne présentant pas de risques de pollution.
La quantité de déchets autres que les effluents, les déchets destinés au compostage et les déchets compostés entreposée sur le site ne dépasse pas la capacité mensuelle produite ou, en cas de traitement externe, un lot normal d'expédition vers l'installation d'élimination.
Les entreposages temporaires des déchets dangereux sont réalisés sur des cuvettes de rétention étanches.

Elimination des déchets.
Les déchets qui ne peuvent pas être valorisés sont éliminés dans des installations réglementées conformément au code de l'environnement. L'exploitant est en mesure d'en justifier l'élimination sur demande de l'inspection des installations classées.
L'exploitant met en place un registre caractérisant et quantifiant tous les déchets dangereux générés par ses activités (nature, tonnage, filière d'élimination, etc.). Il émet un bordereau de suivi dès qu'il remet ces déchets à un tiers.
Tout brûlage de déchets à l'air libre est interdit.