Tout organisme qui sollicite un agrément en application de l'article D. 543-207 du code de l'environnement en fait la demande par courrier avec accusé de réception aux ministères signataires. La demande doit être transmise sous format papier et sous format électronique.
Les demandes déposées après le 1er octobre de l'année civile en cours ou complétées après le 1er novembre de l'année civile en cours peuvent ne pas conduire à la délivrance d'un agrément pour l'année civile suivante. Cette disposition ne s'applique pas pour une demande d'agrément déposé en 2016 pour laquelle les demandes seront déposées avant le 15 novembre 2016 et complétées avant le 10 décembre 2016.