Pour l'exercice de ses attributions, le CFAGN est constitué notamment :

- d'une division des opérations ;
- d'une division de l'appui opérationnel ;
- d'unités opérationnelles constituées en groupement des formations aériennes de la gendarmerie dans chacune des zones de défense et de sécurité de métropole et en sections aériennes de la gendarmerie outre-mer ;
- d'un bureau qualité ;
- d'un groupement d'instruction ;
- d'un groupement de maintien en condition opérationnelle ;
- d'un détachement au sein de la direction de la sécurité aéronautique d'Etat ;
- d'un détachement au sein de la direction de la maintenance aéronautique.