Pour l'exercice de ses attributions, le COMFAG est constitué notamment :

• d'une division des opérations ;
• d'une division de l'appui opérationnel ;
• d'une division capacitaire ;
• d'unités opérationnelles constituées en forces aériennes de la gendarmerie dans chacune des zones de défense et de sécurité de métropole et en sections aériennes de la gendarmerie outre-mer ;
• d'un centre national d'instruction des forces aériennes de la gendarmerie ;
• d'un centre national de maintenance aéronautique de la gendarmerie ;
• d'un détachement au sein de la direction de la sécurité aéronautique d'Etat ;
• d'un détachement au sein de la direction de la maintenance aéronautique.