Le COMFAG est placé sous le commandement d'un officier général ou supérieur de gendarmerie. Un officier supérieur de la gendarmerie, commandant en second, l'assiste dans ses missions et le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.
Le commandant de cette formation administrative, breveté pilote d'hélicoptère, est le conseiller technique aéronautique du directeur général de la gendarmerie nationale pour tous les aspects liés à la sécurité des vols et aux missions assurées par les unités qu'il commande.