Lorsqu'une anomalie affectée d'une valeur de deux points est constatée seule pour l'un des sous-domaines « identification et enregistrement des bovins », « identification et enregistrement des ovins et des caprins », « utilisation des produits phytosanitaires », « bonnes pratiques assurant la sécurité sanitaire des productions primaires végétales » ainsi que pour les sous-ensembles « pratiques de fertilisation » et « pratiques d'utilisation des produits phytopharmaceutiques », le pourcentage affecté au sous-domaine ou au sous-ensemble est affecté d'une valeur nulle.
Lorsque seulement deux anomalies affectées d'une valeur de deux points sont constatées pour le sous-domaine « bonnes pratiques assurant la sécurité sanitaire des productions primaires animales », le pourcentage affecté au sous-domaine est affecté d'une valeur nulle.