Le président décide de l'organisation des travaux. En particulier il peut, en concertation avec les membres du bureau, organiser des téléréunions pour des réunions de bureau ou de groupes de travail.

Le conseil scientifique peut valablement siéger si la moitié des membres est présente en début de séance ; lorsque ce quorum n'est pas atteint, il est procédé à une nouvelle convocation dans les trois semaines. Il se réunit alors sans condition de quorum.

Le président du Centre national de la recherche scientifique assiste aux réunions du conseil scientifique.

L'avis ou la décision des membres du conseil scientifique s'exprime formellement par un vote à main levée. Celui-ci peut avoir lieu au scrutin secret si l'un des membres du conseil le demande. Il est acquis à la majorité simple des suffrages exprimés, sauf les cas visés aux articles 6 et 7.

Au cours de chaque séance, un compte rendu complet des débats est établi sous la responsabilité du président du conseil scientifique. Il est adressé aux membres du conseil scientifique et au président du Centre national de la recherche scientifique.

Lorsque le conseil scientifique estime ne pas disposer en son sein de toute la compétence requise pour l'examen d'une question particulière, celui-ci peut solliciter l'avis d'experts extérieurs.

A la fin de chaque séance, le président signe le relevé de conclusions établi par le secrétariat général du comité national contenant notamment les recommandations et avis votés par le conseil scientifique.

Ce relevé est envoyé avec la mention " confidentiel " par le secrétariat général du comité national aux membres du conseil scientifique, à la présidence du Centre national de la recherche scientifique, aux directeurs généraux délégués, aux instituts, aux présidents des conseils scientifiques d'institut et aux présidents de sections et de commissions interdisciplinaires. D'autres documents peuvent être élaborés pour une diffusion plus large.

L'ensemble des documents issus des travaux du conseil scientifique est archivé par le secrétariat général du comité national.

Les membres du conseil scientifique sont astreints à l'obligation de discrétion et de confidentialité à raison des pièces, documents ou informations dont ils ont eu connaissance.

Les autres participants sont astreints à la même obligation.