La sélection des apprentis s'opère sur la base d'un dossier constitué par le candidat et d'un entretien qui permet d'apprécier la candidature de chacun des postulants. Cet entretien est mené par trois personnes : un pharmacien praticien hospitalier, en privilégiant notamment ceux qui participent à la formation de préparateur en pharmacie hospitalière, un préparateur en pharmacie hospitalière et le directeur du centre de formation des apprentis ou son représentant. La composition de ce dossier figure en annexe I.

Le périmètre territorial de recrutement des apprentis est défini pour chaque centre de formation à l'annexe I du présent arrêté. La région de rattachement est celle où se situe l'établissement de santé employant l'apprenti.