Sous réserve des dispositions du chapitre III, le conseil de déontologie en santé des armées se prononce sur les sujets et les demandes d'avis qui lui sont soumis par le ministre de la défense auquel il remet ses conclusions.
Sur proposition de son président, le conseil peut décider de se saisir d'un sujet. Il en rend compte au ministre de la défense auquel il remet ses conclusions.

Pour délibérer valablement, plus des deux tiers des membres du conseil de déontologie en santé des armées, dont son président, doivent être présents.
En cas de partage des voix, celle du président est prépondérante.