Le conseil de déontologie en santé des armées est composé de membres permanents et, sous réserve des dispositions de l'article 12 et en tant que de besoin, de membres temporaires.
Conformément à l'article 91 du décret du 9 avril 2025 susvisé, les membres permanents sont :

- l'inspecteur général du service de santé des armées, président ;
- l'inspecteur du service de santé des armées ;
- le collège des inspecteurs de l'inspection du service de santé des armées appartenant à une profession de santé ou à la profession de vétérinaire ;
- un directeur des soins, désigné par le directeur central du service de santé des armées après accord de l'inspecteur général du service de santé des armées.

Les membres temporaires sont les personnalités qualifiées, civiles ou militaires, que le ministre de la défense désigne en raison de leurs compétences dans le domaine examiné par le conseil. Leur nombre ne peut être supérieur à celui des membres permanents.

Le conseil de déontologie en santé des armées dispose de groupes de travail constitués en vue, d'une part, d'approfondir sa propre réflexion et, d'autre part, de l'assister dans l'élaboration de ses avis et l'étude des sujets qui lui sont confiés.

Les responsables et les membres des groupes de travail mentionnés à l'article 4 sont choisis par le président du conseil de déontologie en santé des armées parmi ses membres permanents.
Ces derniers peuvent, en fonction des thèmes abordés et à la demande du président du conseil, être associés à d'autres praticiens des armées ou militaires infirmiers et techniciens des hôpitaux des armées et entendre toute personne susceptible d'éclairer leur réflexion.