Le comité financier interministériel (COFIN), présidé par le responsable de la fonction financière ministérielle, est notamment chargé, dans le cadre du contrôle de la gestion budgétaire, d'approuver les propositions :

- d'affectations relatives au lancement des phases de préparation et de réalisation des opérations d'armement dont le devis prévisionnel de réalisation est supérieur à 500 000 000 euros ;
- d'opérations annuelles d'entretien programmé des matériels dont le montant excède 100 000 000 euros et d'opérations pluriannuelles d'entretien programmé des matériels dont le montant excède 350 000 000 euros ;
- d'affectations relatives au lancement des phases de préparation et de réalisation des programmes majeurs d'infrastructure et aux opérations d'infrastructure dont le montant total prévisionnel excède 130 000 000 euros ;
- d'affectations relatives au lancement des phases de préparation et de réalisation des systèmes d'informations et de communications dont le montant total prévisionnel excède 100 000 000 euros.

Le directeur du budget et le contrôleur budgétaire et comptable ministériel ou leurs représentants peuvent s'opposer à l'approbation de ces affectations, au regard des critères définis à l'article 99 du décret du 7 novembre 2012 susvisé.
Le fonctionnement du COFIN est fixé par deux protocoles : l'un pour le COFIN « Dissuasion » et l'autre pour les COFIN « hors dissuasion ». Ces protocoles sont cosignés par le responsable de la fonction financière ministérielle du ministère des armées et le directeur du budget.