Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel établit un programme de contrôle a posteriori et d'analyse de circuits et procédures sur la base d'une analyse des risques qu'il a constatés soit dans l'exercice de ses missions, soit lors des travaux de contrôle interne financier ou dans les conclusions d'audits, le cas échéant.
Les risques identifiés peuvent porter sur la qualité de la comptabilité budgétaire ou sur la soutenabilité de la programmation et de son exécution.
Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel peut proposer au contrôleur d'un organisme d'être associé à un contrôle a posteriori ou à une analyse de circuits et procédures.

Le contrôleur budgétaire peut contrôler a posteriori des actes soumis ou non à visa ou à avis préalable sur l'ensemble des services du ministère.
Le contrôleur budgétaire doit informer l'autorité concernée par le contrôle a posteriori et préciser les documents demandés. L'autorité concernée est tenue de communiquer tous les documents nécessaires au bon accomplissement de ce contrôle au plus tard dans un délai d'un mois. Les conclusions et recommandations éventuelles du contrôle sont transmises à l'autorité concernée, au responsable de la fonction financière ministérielle et au responsable de programme concerné. Le responsable de la fonction financière ministérielle transmet les mesures que le ministère entend mettre en œuvre pour pallier les risques ou défaillances identifiés ou corriger les erreurs ou omissions signalées.

Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel peut analyser les circuits et procédures de dépenses des ordonnateurs. Il arrête le déroulement des travaux en concertation avec le responsable de la fonction financière ministérielle et le responsable de programme concerné. Les conclusions de cette analyse sont transmises au responsable de la fonction financière ministérielle et au responsable de programme. Le responsable de la fonction financière ministérielle indique les mesures que le ministère entend mettre en œuvre pour pallier les risques ou défaillances identifiés.