Dans chaque département est instituée une commission départementale d'identification qui est réunie à l'initiative du préfet ou à la demande du directeur ou du président de l'établissement de l'élevage.
Son rôle est d'évaluer au moins une fois par an les modalités d'organisation et l'exécution de l'identification des ovins et des caprins dans le département. Elle a en outre la possibilité de proposer et de recommander les modalités d'emballage et d'envoi des repères commandés par les détenteurs.
Elle est présidée par le préfet ou son représentant et elle est composée des membres suivants :
- le directeur départemental des services vétérinaires ou son représentant ;
- le directeur départemental de l'agriculture et de la forêt ou son représentant ;
- le président de l'établissement de l'élevage ou son représentant ;
- le directeur de l'établissement de l'élevage ou son représentant ;
- le président de la chambre d'agriculture ou son représentant ;
- le président de chacune des organisations commerciales de producteurs ou son représentant ;
- le président de l'organisme de défense sanitaire ou son représentant ;
- le président du groupement technique vétérinaire ou son représentant ;
- le président de chacune des associations d'éleveurs reconnues ;
- un représentant des vétérinaires praticiens ;
- un ou des représentants d'abattoir ;
- un représentant des établissements d'équarrissage ;
- un représentant des commerçants en bestiaux ;
- un représentant des marchés aux bestiaux ;
- un représentant des centres d'insémination artificielle ;
- le président de chacune des organisations syndicales départementales à vocation générale d'exploitants agricoles habilitées en application de l'article 3 du décret n° 90-187 du 28 février 1990 modifié, ainsi que les présidents, ou leurs représentants, des syndicats ovin et caprin départementaux représentatifs.
La commission départementale peut s'entourer des personnalités choisies en raison de leur compétence et qui siègent avec voie consultative.
Le secrétariat de la commission est assuré par le directeur de l'établissement de l'élevage.

Dans le cadre de l'application de l'article R. 653-134 du code rural, les opérations de commande et d'attribution des repères ne peuvent être déléguées qu'à un seul organisme et pour la totalité des ovins et des caprins du département. Dans le cas d'établissements de l'élevage qui, à la date de parution du présent arrêté, ont délégué les opérations de commande et d'attribution des repères à plusieurs organismes, un délai de deux ans à compter de la date de publication du présent arrêté leur est laissé pour se mettre en conformité avec le présent article.

En matière d'identification des animaux et en application de l'article R. 653-37, l'établissement de l'élevage est chargé, en particulier :
- de la gestion de l'attribution et de l'unicité des numéros nationaux d'identification attribués au sein du département ;
- de la gestion et du suivi des commandes des repères agréés pour son département ;
- de l'attribution, à chaque agent identificateur habilité, de repères agréés et du suivi de l'utilisation de ces repères.

Le directeur de l'établissement de l'élevage est tenu d'habiliter des agents identificateurs afin d'assurer, à sa demande, ses missions d'identification. Ces agents peuvent être :
- les agents de l'établissement de l'élevage, ou du maître d'oeuvre de l'identificateur, ayant souscrit l'engagement prévu à l'appendice 7 de l'annexe du présent arrêté ;
- toute personne physique, pour autant qu'elle ait souscrit l'engagement prévu à l'appendice 7 de l'annexe du présent arrêté.
En cas de nécessité, les agents spécifiquement désignés par le directeur départemental des services vétérinaires sont habilités, sans pour autant souscrire d'engagement, à apposer les repères agréés numérotés et à effectuer tout opération d'identification, selon les règles techniques communes aux agents identificateurs et conformes aux dispositions du présent arrêté. Ils rendent compte des actes réalisés dans ce cadre au directeur du maître d'oeuvre de l'identification.

Sans préjudice de l'application des dispositions de l'article R. 653-37 du code rural et de l'article 444-4 du code pénal, quand un agent identificateur habilité ne respecte pas l'un ou les termes de l'engagement prévu à l'annexe du présent arrêté, les mesures suivantes peuvent être prises :
- la suspension temporaire de l'habilitation, prononcée par le directeur de l'établissement de l'élevage, après information du directeur départemental des services vétérinaires et du directeur départemental de l'agriculture et de la forêt ;
- le retrait définitif de cette habilitation, prononcé par le directeur de l'établissement de l'élevage, après avis de la commission départementale d'identification.
En cas de cessation d'activité d'un agent identificateur habilité, celui-ci est tenu d'en informer le maître d'oeuvre de l'identification. Dans le cas précité et lorsque le directeur de l'établissement de l'élevage a notifié à l'agent identificateur la suspension temporaire ou le retrait définitif de son habilitation, celui-ci est tenu de remettre, au directeur de l'établissement de l'élevage, l'ensemble du matériel d'identification ainsi que l'ensemble des repères agréés qui lui ont été attribués.

L'établissement de l'élevage doit se soumettre à tous les contrôles organisés par les services du ministère chargé de l'agriculture et leur présenter à chaque demande, et au moins une fois par an, un bilan technique et financier de la mise en oeuvre de ses missions d'identification des ovins et des caprins prévues à l'article R. 653-37, selon des modalités fixées par instructions du ministère chargé de l'agriculture.