Les missions déconcentrées à compétence nationale ou interdépartementales sont notamment :

- la mission de l'état civil militaire ;
- la mission sur l'histoire de la guerre d'Algérie ;
- les missions de solidarité avec les enfants de harkis ;
- la mission de co-développement et d'amélioration des pratiques professionnelles ;
- les missions retraite du combattant.

Il peut être créé d'autres missions déconcentrées à compétence nationale ou interdépartementale.
Elles peuvent être confiées à un service de proximité, en tant que de besoin.
Elles peuvent être supprimées et retirées dans les mêmes conditions.

La mission de l'état civil militaire :

- gère les questions d'état civil comprenant la recherche des lieux de sépulture, les exhumations, les transferts de corps, les démarches consécutives à la découverte de restes mortels ainsi que les modifications de plaques et d'emblèmes ;
- participe à l'instruction des demandes de cérémonies dans les sites et d'autorisations de prises de vue en collaboration avec le département de la mémoire et de la citoyenneté ainsi qu'avec les services de proximité ;
- instruit les dossiers de demandes par les communes de subvention pour la rénovation de leurs monuments aux morts ;
- assure, dans son domaine de compétences, les relations avec les partenaires et les collectivités.

La mission sur l'histoire de la guerre d'Algérie est principalement chargée de conseiller la direction générale et les services de proximité sur les questions historiques liées à la Guerre d'Algérie.

La mission de solidarité avec les enfants de harkis est principalement chargée de conseiller la direction générale et les services de proximité sur les questions liées à la solidarité avec les enfants de harkis.

La mission de co-développement et d'amélioration des pratiques professionnelles est principalement chargée d'animer une démarche d'échanges professionnels entre les services de proximité pour améliorer les pratiques professionnelles et le service rendu aux ressortissants.

Les missions retraite du combattant sont principalement chargées d'apporter leur concours au département reconnaissance et réparation pour les questions liées à la retraite du combattant.