Après chaque renouvellement du CNAS, les organisations syndicales font connaître, avant la première réunion, la personne élue parmi elles pour assurer la présidence.
La vice-présidence est assurée par un membre de l'administration
Un arrêté du ministre de la justice nomme le président et le vice-président pour la durée du mandat.

En cas d'empêchement ponctuel du président, la présidence du CNAS est assurée par le vice-président. Au terme de six mois d'empêchement, les organisations syndicales peuvent élire un nouveau président pour la durée du mandat restant à courir.

Le CNAS se réunit au moins trois fois par an.
Le président convoque les membres titulaires et suppléants au moins un mois avant la date de la séance. Il établit l'ordre du jour qu'il adresse au moins quinze jours avant cette date.

Le secrétariat du conseil est assuré par le bureau de l'action sociale et des conditions de travail du secrétariat général.

Le CNAS ne délibère valablement qu'à la condition que la moitié des membres ayant voix délibérative soient présents dès l'ouverture de la réunion.
Lorsque le quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans le délai de huit jours aux membres du CNAS qui siège alors valablement sur le même ordre du jour quel que soit le nombre de représentants du personnel présents.

Seuls les représentants titulaires participent au vote. Les suppléants n'ont voix délibérative qu'en l'absence des titulaires qu'ils remplacent.
Les experts ne participent pas au vote.
Le CNAS émet ses avis à la majorité des présents. S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Si besoin il est procédé à une suspension de séance. Les abstentions sont admises. En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné.

Le ministre de la justice arrête le règlement intérieur du CNAS après avis de ses membres.