Les transports s'effectuent par la voie ferroviaire en 2e classe. Le recours à la 1re classe peut toutefois être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque l'intérêt du service ou les conditions tarifaires le justifient.

L'usage de la voie aérienne peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque l'intérêt du service ou les conditions tarifaires le justifient et après production des pièces justificatives auprès de l'ordonnateur. Le transport s'effectue en classe économique par une compagnie aérienne régulière ou celle proposant le tarif le plus avantageux.

Les agents peuvent, à titre exceptionnel, utiliser leur véhicule terrestre à moteur, sur autorisation du chef de service ayant délégation de signature, quand l'intérêt du service le justifie.
Les autorisations ne sont délivrées que si l'utilisation du véhicule personnel entraîne une économie et un gain de temps appréciables ou lorsqu'elle est rendue nécessaire soit par l'absence, permanente ou occasionnelle, de moyens de transport en commun, soit par l'obligation attestée de transporter du matériel fragile, lourd ou encombrant.
L'utilisation par l'agent de son véhicule personnel donne lieu à une indemnisation sur la base des indemnités kilométriques prévues à l'article 10 du décret du 3 juillet 2006 susvisé.

Lorsqu'un agent est astreint, par ses fonctions, à de fréquents déplacements et sous réserve de la production des pièces le justifiant, l'administration peut prendre en charge une part ou la totalité du coût d'un titre d'abonnement dans la mesure où il en résulte une économie par rapport à la procédure habituelle de prise en charge.
Toute autre formule proposée par les compagnies de transport peut être adoptée par l'administration sous réserve qu'il en résulte une économie.