La direction des services de la navigation aérienne (DSNA) comprend :
Un échelon central constitué par :

- la sous-direction de la planification et de la stratégie (DSNA/SDPS) ;
- la sous-direction des ressources humaines (DSNA/SDRH) ;
- la sous-direction des finances (DSNA/SDFI) ;
- la mission du management de la sécurité, de la qualité et de la sûreté (DSNA/MSQS) ;
- la mission de l'environnement (DSNA/ME) ;
- des directeurs de programmes en charge de la conduite de grands programmes de la DSNA ;
- le cabinet.

La direction des opérations (DSNA/DO) constituée par :

- un échelon central ;
- les centres en route de la navigation aérienne (DO/CRNA) ;
- les services de la navigation aérienne (DO/SNA) qui incluent deux services spécialisés : le service de l'information aéronautique et le centre d'exploitation des systèmes de la navigation aérienne centraux ;
- le service de l'aviation civile à Saint-Pierre-et-Miquelon (DSNA/SPM).

La direction de la technique et de l'innovation (DSNA/DTI), constituée par :

- une structure de direction ;
- un domaine support ;
- cinq domaines techniques.

Le directeur des services de la navigation aérienne est assisté d'un adjoint, chef de service, nommé dans les conditions prévues par les dispositions du décret n° 2012-32 du 9 janvier 2012 relatif aux emplois de chef de service et de sous-directeur des administrations de l'Etat.