Les critères de qualité microbiologique de l'eau minérale naturelle, de l'eau de source et de l'eau rendue potable par traitement conditionnées, ainsi que de l'eau minérale naturelle distribuée en buvette publique, figurent au tableau A de l'annexe I (annexe non reproduite voir le fac-similé). La recherche des germes est déterminée dans des volumes d'eau mentionnés à cette même annexe.
A l'émergence et au cours de leur commercialisation, les eaux doivent être exemptes de germes témoins de contamination fécale, de parasites et de microorganismes pathogènes.