La commission est présidée par le sous-directeur des personnels spécialisés et à gestion déconcentrée. Le président est, en cas d'empêchement, remplacé par son représentant.
Le président de la commission peut convoquer, autant que de besoin, des experts choisis parmi les agents du ministère des affaires étrangères en raison de leurs compétences et qui apportent leur concours aux travaux de la commission sans voix délibérative.
La commission se réunit au moins une fois par an sur convocation de son président.