Le transport s'effectue normalement par voie ferroviaire ou, à défaut de desserte ferroviaire, par le transport public de voyageurs le moins onéreux.
La prise en charge des frais de transport par voie ferroviaire est effectuée sur la base du tarif de la classe la plus économique.
Par dérogation au premier alinéa, le transport par voie ferroviaire en 1re classe peut être autorisé par le chef de service dans les conditions suivantes, lorsque :

- l'urgence de la mission justifie le départ à une date et une heure précises et en cas d'indisponibilité de billet de 2e classe ;
- le déplacement s'effectue en présence d'un ministre, d'un parlementaire ou conjointement avec un agent d'une autre administration publique bénéficiant de la 1re classe ;
- les conditions tarifaires sont moins onéreuses qu'en 2e classe.

Les titulaires d'une carte de réduction sont tenus d'en faire état lors de la préparation de la mission. La carte de réduction peut faire l'objet d'un remboursement dès lors que son acquisition est économiquement justifiée, dans le cadre des missions effectuées pour l'administration.

Le transport par voie aérienne, en classe économique, peut être autorisé par le chef de service dans les cas suivants, lorsque :

- les conditions tarifaires sont moins onéreuses que par voie ferroviaire ;
- la mission s'effectue dans la journée et la durée du déplacement (temps d'enregistrement et liaisons comprises) est inférieure à celle par voie ferroviaire (hors liaisons) ;
- il n'existe pas de liaison TGV et le temps de trajet par voie ferroviaire est supérieur à quatre heures ;
- l'urgence de la mission le justifie.

Par exception, le transport en classe affaires peut être autorisé :

- pour les déplacements s'effectuant en présence d'un ministre ou d'un parlementaire ; ou
- lorsque la durée du voyage est supérieure à sept heures et la durée de la mission est inférieure à quatre jours sur place.

Les agents autorisés à utiliser leur véhicule personnel pour leur propre convenance sont remboursés sur la base du tarif de transport public de voyageurs le moins onéreux.
Lorsque l'intérêt du service l'exige et sur autorisation préalable du chef de service, l'indemnisation s'exerce sur la base des indemnités kilométriques.