Durant la scolarité, les élèves et stagiaires directeurs sont soumis à des contrôles de connaissances dont les modalités sont précisées par le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire, conformément aux instructions du directeur de l'administration pénitentiaire, qui valide les propositions du directeur de l'école.

Le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire veille au bon déroulement des contrôles institutionnels et en assure le suivi selon les instructions du directeur de l'administration pénitentiaire.
La nature des épreuves, des appréciations permettant de déterminer la notation ainsi que les coefficients attribués sont précisés par le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire et validés par le directeur de l'administration pénitentiaire.