L'état-major des armées est placé sous les ordres d'un officier général, major général des armées.

Le major général des armées est assisté, outre d'un officier général adjoint, de quatre sous-chefs d'état-major, officiers généraux :
- le sous-chef d'état-major opérations ;
- le sous-chef d'état-major relations internationales ;
- le sous-chef d'état-major plans ;
- le sous-chef d'état-major organisation.

Le sous-chef d'état-major opérations assiste le chef d'état-major des armées dans la préparation et l'emploi des forces. Il participe à la veille stratégique. Il est chargé de l'ensemble des questions relatives à la planification de niveau stratégique, à la mise en oeuvre des forces et au contrôle de leur aptitude opérationnelle. Il prépare et propose les contrats opérationnels des armées, des formations rattachées et des organismes interarmées relevant du chef d'état-major des armées.
Il coordonne les activités programmées pour la préparation opérationnelle des forces. Il s'assure de la cohérence des concepts et de la doctrine d'emploi des forces interarmées et d'armée.

Le sous-chef d'état-major relations internationales assiste le chef d'état-major des armées dans la conduite et la coordination des relations militaires internationales. Il exerce les attributions définies à l'article 11 du décret du 21 mai 2005 susvisé. Il est notamment chargé des questions relatives à la maîtrise des armements. Il assure dans son domaine de compétence la liaison entre l'état-major des armées et les services concernés du ministère de la défense et des autres ministères. Il propose les affectations définies à l'article 13 du décret du 21 mai 2005 susvisé dans le domaine des relations internationales et coordonne, au sein des armées, les activités d'assistance militaire technique et celles de formation des stagiaires militaires étrangers en France ; des cellules de traitement lui sont rattachées pour l'exercice de ces responsabilités. Il dispose d'un officier général adjoint. Ce dernier assure notamment la mise en oeuvre de la politique d'influence des armées par l'intermédiaire des réseaux de défense français à l'étranger et des militaires étrangers accrédités en France. Il est également chargé du soutien de ces réseaux.

Le sous-chef d'état-major plans assiste le chef d'état-major des armées dans l'exercice de ses attributions relatives à la préparation et à l'équipement des forces. Il veille en particulier à la cohérence capacitaire des opérations d'armement et à l'élaboration des travaux de planification et de programmation. Il exerce, seul ou en liaison avec les autres sous-chefs d'état-major, les attributions définies aux articles 5, 6, 7 et 14 du décret du 21 mai 2005 susvisé. Il dispose de l'officier général « espace ».

Le sous-chef d'état-major organisation assiste le chef d'état-major des armées dans l'exercice de ses fonctions relatives à l'organisation, au soutien et aux ressources humaines. A ce titre, il exerce, seul ou en liaison avec les autres sous-chefs d'état-major, les attributions prévues aux articles 8, 9, 12 et 14 du décret du 21 mai 2005 susvisé en ce qu'elles concernent l'organisation et le soutien logistique interarmées. Il veille à la cohérence générale de l'organisation des armées. Il assiste le chef d'état-major des armées dans l'exercice de ses prérogatives de commandant organique. Il est dans ce domaine le correspondant désigné des commandants permanents interarmées outre-mer et à l'étranger. Il participe à la détermination de la politique du personnel civil et militaire et veille à la cohérence des politiques conduites par chacune des armées dans ce domaine. Il est responsable de la politique des ressources humaines au sein des organismes relevant de l'autorité du chef d'état-major des armées. Il dispose de la cellule d'audit de l'état-major des armées. Il pourvoit aux besoins financiers de la composante interarmées et coordonne, en liaison avec les services du secrétariat général pour l'administration, l'élaboration des règles générales régissant les domaines de l'administration des armées et du soutien de l'homme. Pour ce faire, il est assisté par un adjoint, officier général d'un des corps de commissaires de l'armée de terre, de la marine ou de l'armée de l'air.

L'état-major des armées est notamment organisé en divisions, commandées par des officiers généraux, et en bureaux.
Sur le plan fonctionnel, chaque sous-chef d'état-major a autorité sur ces divisions et bureaux, à l'exception de la division études, stratégie militaire générale et pilotage, pour diriger et coordonner leurs activités dans son domaine de compétence.
Chaque sous-chef d'état-major peut se voir confier des attributions particulières pour la mise en oeuvre de mesures résultant des dispositions des lois de finances entrant dans le champ des responsabilités du chef d'état-major des armées.
Sur le plan organique, chacune des structures de l'état-major relève du major général ou de l'un des quatre sous-chefs dans les conditions suivantes :
1° Division relevant du major général des armées :
- la division études, stratégie militaire générale et pilotage.
2° Centre, divisions et bureau relevant du sous-chef d'état-major opérations :
- le centre de planification et de conduite des opérations ;
- la division emploi ;
- la division forces nucléaires ;
- le bureau géographique interarmées.
3° Divisions relevant du sous-chef d'état-major relations internationales :
- la division euratlantique ;
- la division monde ;
- la division maîtrise des armements.
4° Divisions relevant du sous-chef d'état-major plans :
- la division plans, programmes et évaluation ;
- la division espace-programmes interarmées ;
- la division capacités et équipements.
5° Divisions et bureaux relevant du sous-chef d'état-major organisation :
- la division soutien logistique interarmées ;
- la division organisation et ressources humaines ;
- le bureau de modernisation de l'administration des armées ;
- le bureau budget et finances.
L'état major des armées comprend également, relevant de l'officier général adjoint au major général des armées :
- le quartier général de l'état-major des armées ;
- la chancellerie de l'état-major des armées.