Le programme des missions des inspecteurs est arrêté chaque année par le secrétaire général pour l'administration après consultation des états-majors, directions et services.
D'autres missions peuvent leur être demandées en cours d'année en fonction des circonstances.
Les missions d'inspection donnent lieu à l'établissement de rapports transmis au secrétaire général pour l'administration, qui en assure par ailleurs la diffusion qu'il juge utile.
A la fin de l'année, chaque inspecteur adresse au secrétaire général pour l'administration un rapport de synthèse des constatations faites au cours des missions d'inspection, d'étude et d'information, et comportant, le cas échéant, des propositions de mesure à prendre.
Le secrétaire général pour l'administration transmet ces rapports, avec son avis, au ministre de la défense.