Le directeur régional des finances publiques en région Franche-Comté est désigné pour exercer le contrôle budgétaire des organismes suivants :
― agence régionale de santé de Franche-Comté ;
― centre régional de documentation pédagogique de Besançon ;
― centre régional des œuvres universitaires et scolaires de Besançon ;
― chancellerie de l'université de Besançon ;
― Ecole nationale supérieure de mécanique et de microtechnique de Besançon.