Il est également institué des comités techniques paritaires spéciaux pour les groupes de services suivants :

• pour les services situés sur le site du Lion d'Angers (Maine-et-Loire), un comité technique paritaire spécial est institué auprès du directeur du haras national du Lion d'Angers. Ces services regroupent le haras national, l'observatoire économique et social du cheval et le département ingénierie ;
• pour les services situés sur le site du Pin (Orne), un comité technique paritaire spécial est institué auprès du directeur du haras national du Pin. Ces services regroupent le haras national et l'Ecole nationale professionnelle des haras ;
• pour les services situés sur le site de Pompadour (Corrèze), un comité technique paritaire spécial est institué auprès du directeur général adjoint de l'établissement public Les Haras nationaux.

Ces services regroupent le haras national, la station expérimentale de Chamberet (Corrèze) et les directions nationales suivantes :
direction générale, direction des ressources humaines, direction administrative et financière, direction de la filière, direction des systèmes d'information ;
- pour les services situés en région parisienne, un comité technique paritaire spécial est institué auprès du directeur de l'étalonnage public. Ces services regroupent le haras national d'Ile-de-France, la direction nationale du développement (Paris), la direction nationale de l'étalonnage (Les Bréviaires, Yvelines) et les services sur le site de Paris-Bastille.