Le secrétariat du comité de pilotage scientifique est assuré par le secrétariat de la présidence de l'Agence nationale de la recherche.

Le comité de pilotage scientifique se réunit au moins trois fois par an sur convocation du président de l'Agence ou à la demande écrite et motivée des deux tiers de ses membres.
La convocation est adressée aux membres du comité au moins quinze jours à l'avance. Elle indique l'ordre du jour et est accompagnée des documents nécessaires aux délibérations. Tout ou partie de ces documents peut, à titre exceptionnel en cas d'urgence, faire l'objet d'un envoi séparé, qui intervient au moins trois jours ouvrables avant la tenue de la séance du comité de pilotage scientifique.

En cas de convocation à la demande du président de l'agence, le quorum nécessaire pour que le comité de pilotage scientifique puisse se réunir et délibérer est atteint lorsque la moitié au moins de ses membres sont présents lors de l'ouverture de la séance. En cas de convocation à la demande des deux tiers des membres du comité de pilotage, le quorum est atteint lorsque les deux tiers au moins de ses membres sont présents lors de l'ouverture de la séance.
La présence exigée des membres du comité s'entend de la présence physique des personnes, sauf en cas de consultation écrite par communication électronique, telle que prévue à l'article 6.
Seules les personnes désignées membres du comité de pilotage scientifique par le président de l'agence en application du présent arrêté sont prises en compte dans le calcul du quorum. Ne sont notamment pas pris en compte dans ce calcul le président de l'agence ainsi que toute personne sollicitée par celui-ci pour assister à la séance du comité.
Si le quorum n'est pas atteint, le comité de pilotage scientifique est à nouveau convoqué dans un délai maximum de dix jours dans les mêmes conditions et avec le même ordre du jour. Il délibère alors sans condition de quorum.

Le président du comité pilotage scientifique fixe l'ordre du jour de la réunion et en dirige les débats. Il veille à ce que l'intégralité des points fixés à cet ordre du jour soit examinée par le comité.
Seuls sont habilités à délibérer les membres du comité désignés comme tels. Chaque membre du comité est titulaire d'une voix. En cas de partage de voix, celle du président du comité est prépondérante.
Les délibérations du comité ont lieu à main levée.
A l'issue de chaque séance du comité, le secrétariat du comité transmet, dans les meilleurs délais et au plus tard quinze jours après la tenue de la réunion, le relevé des délibérations au président de l'agence et aux membres du comité.

Le président de l'Agence nationale de la recherche peut décider de recourir à une procédure de consultation écrite par communication électronique permettant l'identification des membres du comité et leur participation effective à une délibération collégiale dans les conditions prévues dans le décret susvisé du 26 décembre 2014, lorsque la nécessité impose de consulter le comité dans les délais les plus brefs. Les membres du comité sont alors invités à délibérer par courriel accompagné des documents nécessaires à la délibération dans un délai qui leur est indiqué et qui ne saurait être inférieur à trois jours ouvrables. Leurs avis doivent être exprimés par courriel adressés au secrétariat du comité.