Entreposage séparé.
Il est interdit de détenir à bord d'un navire de pêche une quantité de thon rouge mélangée à toute autre espèce d'organisme marin. Le capitaine entrepose le thon rouge dans la cale séparément des autres espèces dans un lieu facile d'accès aux agents de contrôle lors de contrôles en mer et au débarquement.

Interdiction de l'écrémage.
Toutes les quantités de thon rouge capturées, lorsqu'elles sont conformes à la taille minimale réglementaire et lorsque du quota est disponible, doivent être débarquées.

Interdiction de la capture de thon rouge à l'aide de filets fixes et filets dérivants.
Il est interdit d'utiliser des filets dérivants, des filets maillants de fond, des filets emmêlants et des trémails pour la capture du thon rouge, en prise ciblée ou en prise accessoire.

Tailles minimales de capture et de débarquement.
I. - La taille minimale du thon rouge capturé dans l'Atlantique Est et en Méditerranée est de 30 kg ou de 115 cm de longueur à la fourche (dit « calibre BF1 »).
II. - Sans préjudice des tailles minimales fixées par la recommandation 22-08 de la CICTA, des captures accidentelles de thons rouges entre 8 kg et 30 kg ou, à titre subsidiaire, ayant une longueur à la fourche de 75 cm à 115 cm, sont autorisées pour les navires titulaires d'une autorisation européenne de pêche du thon rouge à hauteur maximale de 5 % du nombre de thons rouges détenus à bord du navire à tout moment, après chaque opération de pêche. Ces captures accidentelles sont déclarées avec le reste de la capture dans le journal de pêche.
III. - Sans préjudice des tailles minimales susvisées, il existe quatre exceptions à la taille minimale pour lesquelles un quota spécifique est alloué par arrêté ministériel :

- la taille minimale du thon rouge capturé par les canneurs et ligneurs en Atlantique Est est de 8 kg ou de 75 cm de longueur à la fourche (calibre BF2) ;
- la taille minimale du thon rouge capturé par la pêcherie artisanale côtière de poisson frais par des canneurs, des palangriers et des ligneurs à main en Méditerranée est de 8 kg ou de 75 cm de longueur à la fourche (calibre BF2) ;
- la taille minimale de thon rouge capturé à des fins d'élevage en mer Adriatique est de 8 kg ou 75 cm de longueur à la fourche (calibre BF2) ;
- la taille minimale du thon rouge capturé par les canneurs français de moins de 17 mètres opérant dans le Golfe de Gascogne est de 6,4 kg ou 70 cm de longueur à la fourche (calibre BF3).

Captures accessoires.
I. - Les navires de capture non titulaires d'une autorisation européenne de pêche du thon rouge toute l'année, ainsi que les navires titulaires d'une autorisation européenne de pêche du thon rouge pour les captures réalisées en dehors des périodes de pêche autorisées, ne sont pas autorisés à détenir, quel que soit le moment, plus de 20 % de thons rouges. Le calcul peut être effectué :

- soit en poids, par rapport à la totalité des prises détenues à bord du navire ;
- soit en nombre de spécimens, par rapport aux thonidés et espèces apparentées gérés par la CICTA détenus à bord du navire.

II. - Par dérogation au point 1 le calcul des 20 % se fait sur une base annuelle pour la flotte des petits navires côtiers, dans la limite d'un thon rouge par jour et de cinq thons rouges par an maximum.
III. - Si aucun quota n'est disponible ou que la part des 20 % dans le cadre des prises accessoires est atteinte, la capture de thon rouge est interdite. Le capitaine d'un navire pêchant accidentellement du thon rouge lorsqu'aucun quota n'est disponible ou lorsque la part de 20 % est atteinte dans le cadre des prises accessoires doit prendre les mesures nécessaires en vue de garantir sa remise à l'eau vivant.
Le thon rouge mort conforme aux tailles minimales réglementaires doit être débarqué et ne peut être transformé ou commercialisé. Il doit faire l'objet d'une appréhension ou d'une saisie conformément aux articles L. 943-1 et suivants du code rural et de la pêche maritime. La destination des produits de la pêche saisie est établie conformément à l'article R. 943-6 du code rural et de la pêche maritime.
Si le thon rouge débarqué ne fait pas l'objet d'une appréhension ou d'une saisie conformément aux articles L. 943-1 et suivants du code rural et de la pêche maritime, le capitaine procède à la destruction des spécimens sous contrôle des services de l'Etat. Un procès-verbal de constatation de la destruction est transmis à la direction générale des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture (DGAMPA).
IV. - Toutes les prises accessoires de thons rouges morts, qu'elles soient conservées à bord ou rejetées, doivent être déclarées et déduites du quota.