Le cahier des charges précise les modalités de calcul de la tarification de chaque type de contrôle. Il prévoit que la modification des tarifs des opérateurs agréés, mentionnée à l'article R. 653-68 du code rural et de la pêche maritime, est soumise à l'approbation du préfet de département du siège de ces organismes.
Le ministère chargé de l'agriculture fixe chaque année le pourcentage maximal de variation des tarifs.