Le secrétaire général dirige l'activité des services sous l'autorité du président et dans le cadre des délégations qui lui sont consenties. Il rend compte de l'exercice de ces délégations.
Il mobilise, outre les ressources affectées à l'Autorité, l'appui des services support du ministère chargé des transports afin d'assurer la gestion la plus efficiente des moyens affectés et des dépenses prises directement en charge par le ministère.