Après la première réunion du conseil d'administration et l'installation de l'agent comptable, les moyens affectés au Centre national universitaire sud de calcul sont transférés au Centre informatique national de l'enseignement supérieur.

Jusqu'à ce transfert, la gestion du centre est assurée par la chancellerie du rectorat de l'académie de Montpellier. Les recettes et les dépenses relatives au centre sont individualisées au sein du budget de celle-ci.