Les projets de budget et de décisions modificatives sont communiqués aux ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la recherche et du budget au moins quinze jours avant leur présentation au conseil d'administration.

Les délibérations à caractère budgétaire ainsi que les délibérations portant sur les comptes financiers sont transmises pour approbation aux ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la recherche et du budget ; à défaut de notification de la décision de ces ministres dans le délai d'un mois à compter de leur réception, elles sont réputées approuvées.

Le directeur de l'établissement peut prendre des décisions modificatives du budget qui ne comportent pas de variation du montant total du budget primitif, de virement de crédits entre la section de fonctionnement et la section des opérations en capital ou entre les chapitres de personnel et les chapitres de matériel. Ces décisions modificatives provisoires sont exécutoires après accord du membre du corps du contrôle général économique et financier et sont soumises pour ratification au conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance.